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微生物染色的基本原理，是借助物理因素或化学因素的作用而进行的。物理因素如细胞及细胞物质对染料的毛细现象、渗透、吸附作用等。化学因素则是根据细胞物质和染料的不同性质而发生的各种化学反应。微生物染色方法一般分为单染色法和复染色法两种。前者用一种染料使微生物染色，但不能鉴别微生物。复染色法是用两种或两种以上染料，有协助鉴别微生物的作用，故亦称鉴别染色法。常用的复染色法有革兰氏染色法和抗酸染色法，此外还有鉴别细胞各部分结构的（如芽胞、鞭毛、细胞核等）特殊染色法。
微生物的染色方法很多，各种方法应用的染料也不尽相同，但是一般染色都要通过涂片、干燥、固定、染色、脱色、复染、水洗、干燥、镜检等一系列程序。食品微生物检验中常用的是单染色法和革兰氏染色法。
单染色法是用一种染色剂对涂片进行染色，简便易行，适于进行微生物的形态观察。在一般情况下，细菌菌体多带负电荷，易于和带正电荷的碱性染料结合而被染色。因此，常用碱性染料进行单染色，如美兰(亚甲基蓝)、孔雀绿、碱性复红、结晶紫和中性红等。若使用酸性染料，多用刚果红、伊红和酸性品红等。使用酸性染料时，降低染液的PH值，使其呈现强酸性（低于细菌菌体等电点），让菌体带正电荷，才易于被酸性染料染色。
革兰氏染色法是细菌学中广泛使用的一种鉴别染色法，1884年由丹麦医师Gram创立。

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